「FLOWERS秋篇」のゲームシステムは、オーソドックスなアドベンチャーゲームです。物語の随所に出てくる選択肢によって、その後の展開が変化していきます。
物語中には、学院で起こる事件や謎を解決していく「推理パート」が登場します。
物語中にちりばめられているヒントをもとに選択肢を選び、解決へ導いていきます。
「FLOWERS秋篇」の原作はPC用ソフトのため、グラフィックは一般的なPC用液晶モニターに合わせて彩色されています。
「色合い調整機能」はPS Vita版のゲーム画面の色合いを補正して、原作のPC版に近い発色にすることができる機能です。
→「色合い調整機能」について詳しくはこちら

定評のある早送り&巻き戻し機能はもちろんのこと、より快適にお楽しみいただけるよう、多彩な機能を搭載しています。
・選択肢の表示位置変更機能(中央 or 下)
・見たことのある選択肢へのジャンプ機能
・ロード地点からの巻き戻しも可能
・バックログで表示したメッセージからの再開機能
・クイックセーブ&クイックロード機能
その他、集めたボイスの再生順を自由に変更できる「ボイスコレクション」を始め、「CG鑑賞」「音楽鑑賞」「エンドリスト」などのギャラリーも充実しています。