「グリザイアの果実」の後日談。美浜学園のヒロインたちの一日を描いたドタバタ劇。
みちるが中心となり、意識の高い活動をしようと、幸たちの協力のもと、新たな部活動を開発しようとすることに。
雄二不在の美浜学園に巻き起こる大騒ぎとは…?

天涯孤独となり、国際テロリストに利用されていた幼い頃の主人公・風見雄二が、国の機関であるCIRS(サーズ)に所属するエージェント・日下部麻子に助け出され、彼女に育てられていた時期の物語。
「グリザイアの迷宮」に収録された雄二過去編「カプリスの繭」の空白を繋ぐミッシングリンク。
秘められた麻子と雄二の逸話が明かされます!

主人公・風見雄二が先代である日下部麻子からナンバー9029を正式に引き継いで間もない頃。
雄二が麻子に代わり、国内および海外を飛び回りながら、数々の任務をこなしていた時代の物語。
本編では登場しなかった新キャラクター「マリオン」と「イザベラ」も活躍します!